In der Schweiz aber ist eine heftige Diskussion über den Einsatz der „Nacktscanner“ entstanden. Verteidigungsminister Maurer lehnt die Scanner ab. Er sagte in einem Interview: „Man muss aufpassen, dass man nicht überreagiert. Man muss nicht jede Person splitternackt anschauen. Weniger drastische Maßnahmen sind effizienter.“ Er forderte stattdessen eine Verbesserung des Vorwarnsystems, eine stärkere Zusammenarbeit der Nachrichtendienste und einen besseren internationalen Informationsaustausch.

Das Bundesamt für Zivilluftfahrt (BAZL) dagegen spricht sich für eine europaweite Einführung der Scanner aus. BAZL-Sprecher Daniel Göring: „Der Körperscanner ist ein wirkungsvolles Werkzeug.“ Tatsache ist aber, dass zurzeit auf keinem Schweizer Flughafen ein „Nacktscanner“ geplant ist – auch nicht auf dem Flughafen Zürich.